L’Istituto Superiore di Scienze dell’Educazione e della Formazione «Giuseppe Toniolo», nasce nell’ambito del CEIS Centro di Solidarietà di Modena, ed è promosso dalla Provincia Italiana Settentrionale dei Sacerdoti del Sacro Cuore di Gesù (SCJ o Dehoniani).

Nato nel 1982 per iniziativa della Diocesi di Modena, il CEIS è un Ente ausiliario accreditato dalla Regione Emilia-Romagna e un'organizzazione non lucrativa di utilità sociale (ONLUS). Il CEIS opera nei settori della tossicodipendenza, della prevenzione - soprattutto in ambito scolastico e socioeducativo - dell'assistenza ai minori e nel campo sociosanitario.

Nei primi anni duemila viene fondato il Centro Studi «Donald J. Ottenberg» coordinato poi dalla Cooperativa Sociale CEIS Formazione di Modena quale ente operativo per la ricerca, la formazione e sviluppo di progetti di prevenzione.

Nel 2008 nasce il Consorzio Gruppo CEIS, attivo nelle province di Modena, Bologna, Parma e Forlì, allo scopo di riunire sotto la stessa forma giuridica enti differenti che condividono la medesima mission.

Nel 2010 l’Associazione CEIS Centro di Solidarietà si trasforma in Fondazione CEIS ONLUS, forma giuridica maggiormente in linea con le finalità del CEIS: ricerca scientifica, finanziamento di nuove attività in ambito sociale e beneficenza.

La Cooperativa Sociale CEIS Formazione collabora con una rete di Università, sia sul territorio che a livello internazionale ed è stata sede, dal 2006 al 2013, di un corso di Baccalaureato (o Laurea) dell’Istituto Superiore Universitario di Scienze Psicopedagogiche e Sociali «Progetto Uomo» di Vitorchiano (VT), affiliato alla Facoltà di Scienze dell'Educazione dell'Università Pontificia Salesiana. Sussistendo le condizioni per l’attivazione di corsi accademici in loco, per consentire in particolare a studenti già in attività lavorativa prevalentemente nel terzo settore, di formarsi ad un livello universitario secondo un percorso coerente con i valori cristiani è stato fondato l’Istituto Superiore di Scienze dell’Educazione e della Formazione «Giuseppe Toniolo».

L’Istituto risulta pertanto fondato dalla Cooperativa Sociale CEIS Formazione, con delibera del Consiglio di Amministrazione del 04 aprile 2013, e promosso dalla Provincia Italiana Settentrionale dei Sacerdoti del Sacro Cuore di Gesù.

L’Istituto ha ottenuto l’affiliazione ad experimentum per un quinquennio alla Pontificia Facoltà di Scienze dell'Educazione «Auxilium» con decreto N. 480/2013 della Congregazione per l’Educazione Cattolica del 25 luglio 2013, proporaga ad alterum quinquennium in data 25 luglio 2018.